Hijikata Toshizo sinh năm 1835 tại làng Ishida, quận Tama, tỉnh Musashi, nay thuộc thành phố Hino, Tokyo.
Gia đình ông là một dòng họ đại địa chủ giàu có. Dù là con út trong gia đình 10 anh chị em, ông mất cả cha lẫn mẹ và được Naka, vợ của người anh thứ hai, nuôi dưỡng.
Trong thời gian đi bán loại thuốc gia truyền Ishida Sanyaku, Hijikata Toshizo rèn luyện kiếm thuật tại các võ đường ở nhiều nơi. Sato Hikogoro, chồng của chị gái ông, gia nhập Shieikan và mở một võ đường tại nhà. Người đến đây hướng dẫn kiếm thuật chính là Kondo Isami.
Cùng chung mong muốn “trở thành võ sĩ” và “bảo vệ gia tộc tướng quân Tokugawa”, hai người nhanh chóng đồng cảm và kết nghĩa huynh đệ.
Sau đó, Hijikata chính thức nhập môn phái Tennen Rishin-ryu.
Đây cũng là thời điểm ông gặp Okita Soji, người sau này trở thành đội trưởng Đội 1 của Shinsengumi.
Về sau, ông cùng Kondo Isami đến Kyoto và trở thành phó cục trưởng Shinsengumi.
Vì tính khí nóng nảy, dễ gây gổ và từng gây ra nhiều chuyện từ nhỏ, ông có biệt danh Baragaki, nghĩa là kẻ ngỗ ngược.
Tuy nhiên, trái với tính khí ấy, ông cũng là một nhà chiến lược và đã vận dụng khả năng này để hỗ trợ Kondo Isami.